支付宝的电子公交卡不能用来乘坐地铁。电子公交卡目前支持在开通了二维码的公交车上使用，但暂时不支持乘坐地铁。
首次乘坐公交车时，打开支付宝扫描公交码，按照支付宝提示，点击“立即取卡-实名授权认证-取卡成功”即可获取公交码。后续乘车，只需打开支付宝点击扫描，选择公交码直接对着扫码设备出示即可成功支付车费。
如需使用支付宝乘坐地铁，可以使用地铁专用二维码。
需要激活手机公交卡的用户，进入“城市一卡通”后，点击页面下方的“激活手机公交卡”，缴纳20多元服务费即可完成激活，充值后手机便变身“手机公交卡”。
附加信息：
支付宝已与部分城市公共交通或卡公司合作发行电子公交卡，用户可以先领取电子公交卡，再使用乘车码支付，领取电子公交卡后，用户还可以在支付宝客户端首页的“卡包”中找到并使用它。
温馨提示：支付宝二维码功能不收取任何费用，请按实际行程付款。
地铁二维码是支付宝针对地铁场景定制的扫码乘车服务，上线后用户可先使用专用二维码扫描乘车，地铁公司将根据用户行程自动扣除票价。
电子公交卡和地铁乘车码还是有区别的。
支付宝电子公交卡对于公交公司来说主要有三点好处。第一，提高效率，节省成本。过去杭州公交每天收到的零钱大概有170万元，占公交票金额的48%左右，每天需要三四百名员工来办理零钱。使用支付宝后，目前零钱使用率下降了20%以上；第二，增加了更多用户。过去实体卡要在公交站购买，很多人忙得没时间买，现在在支付宝上点击几下就可以购买，非常便捷；第三，公交公司获得了用户的大数据，可以有效地对每条线路进行更加智能化的系统调度，从而实现信息化建设。
以二维码支付为代表的无现金支付改变了大部分用户的消费方式，消费者在吃穿住行等方面，只需要扫二维码就能完成消费。尤其是以支付宝为首的移动支付平台影响力在海外不断扩大，为了将支付宝渗透到更多用户，先后以积分、现金红包等形式培养用户的移动支付习惯，现在用支付宝的乘车码就可以免费乘坐地铁、公交。